En el actual territorio de Querétaro se tienen rastros de civilizaciones que habitaron la zona de San Juan del Río y Huimilpan desde el año 500 a.C. Después del florecimiento y decadencia de la ciudad de Tula, grupos de cazadores recolectores y asentamientos agrícolas convivieron en los valles y montañas queretenses.

A la llegada de los españoles en 1529, Otomíes y Tarascos compartían el territorio, cuya conquista se llevó pacíficamente en cada comunidad, a excepción de la batalla librada en el cerro de Sangremal. Durante la lucha, españoles e indios españolizados pelearon contra los nativos y estuvieron a punto de perder la batalla si no por la aparición de Santiago Apóstol, quien llegó al lugar en un caballo blanco y con una cruz iluminada en su mano. Aparición remembrada en el escudo estatal y en el nombre de su capital, la ciudad de Santiago de Querétaro.

Así, en 1529 se fundó la población de Huimilpan; en 1531 San Juan del Río y la ciudad de Querétaro, categoría adquirida en 1655. Cabe agregar que los indios chichimecas de la Sierra Gorda, las tribus pames y jonaces, fueron los últimos en ser sometidos con la ayuda de los misioneros franciscanos.

Gran productor de lana, Querétaro abastecía de tela a toda la Nueva España. Así como fijaba y controlaba los precios de la ganadería en el nuevo reino. En el siglo XVIII, se agregó la industria tabacalera con el establecimiento de la Real Fábrica de Tabaco. Ante tal éxito económico, se ordenó la construcción de grandes iglesias y capillas y otros edificios como el Palacio de la Corregiduría y la Casa de Escala. Además de la exitosa construcción del Acueducto para abastecer de agua potable a toda la ciudad.

Con el inicio de la lucha de independencia sin embargo, el crecimiento económico de Querétaro se vino abajo, debido a que el territorio es zona de paso militar entre el centro y sur del naciente país.

El protagonismo por otro lado no termina, pues es en Querétaro, donde inician las reuniones de conspiración contra el imperio español, con la participación de Doña Josefa Ortiz de Domínguez, Corregidora de Querétaro.

Una vez comenzada la lucha armada, esta ciudad fue tomada por el ejército realista hasta el final, ya que fue la última ciudad en ser liberada.

Con la celebración del Congreso Constituyentes en 1824, se constituyó oficialmente el estado de Querétaro. El primer gobernador del estado fue Don José María Diezmarían.

En 1848, durante la invasión norteamericana a nuestro país, Querétaro es escenario principal nuevamente, al ser sede de la firma del Plan Guadalupe-Hidalgo, con el cual México acuerda ceder casi la mitad de su territorio a cambio de la desocupación.

En la época del imperio francés, Maximiliano de Habsburgo huye a Querétaro al verse acorralado por el ejército republicano. En Mayo de 1867, el emperador invasor es fusilado junto con los traidores a la patria Mejía y Miramón en el cerro queretano de las Campanas.

Con la llegada de la dictadura porfiriana, Francisco González de Cosío gobernó el estado 27 de los 33 años que el General Díaz estuvo en la presidencia de México. A finales del siglo XIX, el estado había progresado notablemente con la instalación de la Compañía Hidroeléctrica, la instalación del agua potable, la apertura de la Escuela Normal Superior, la fundación de 54 escuelas primarias, mejoras en la actividad agrícola de la región, la fundación de numerosas haciendas ganaderas y la realización de campañas de vacunación por parte del Consejo Superior de Salubridad. En 1902 se inició la construcción de las vías férreas en el estado.

Durante la presidencia de Venustiano Carranza, la ciudad de Querétaro se convirtió en capital de la República Mexicana. En esta misma ciudad se redactó y promulgó la Constitución de 1917.

EN 1996, la UNESCO declara a la ciudad de Querétaro, Patrimonio Cultural de la Humanidad