Localizado en el centro occidente de México, Colima comparte frontera al sur con el Océano Pacífico, al norte, este y oeste con Jalisco y al sureste con Michoacán. Con una extensión de 5,625 km2 ocupa el lugar 28 a nivel nacional.

A pesar de su pequeño tamaño, cuenta con un mar territorial de 2,133 km2 y 139 km de litorales. Además de las islas Benito Juárez, Clarión, San Benedicto y Roca Partida, agrupadas en el archipiélago de Revillagigedo.

Su geografía está delimitada por la serranía de coníferas de la Sierra Madre del Sur, sus principales elevaciones incluyen la Sierra Manantlán con 2,420 msnm (metros sobre el nivel del mar), el Cerro Grande 2,220 msnm, Cerro el Peón 2,040 msnm, Sierra Perote 1,940 msnm y Cerro La Ocotera 1,870 msnm. La principal elevación es el Volcán de Colima perteneciente al eje neovolcánico localizado en el noreste, que comparte con el estado mexicano de Jalisco y tiene una altitud de 3,820 msnm. Tigrillos, jabalíes de collar, ocelotes y ardillas habitan en los hermosos pinos, abetos y encinos de la zona. El clima seco de la zona es cálido en las partes más bajas y conforme se accede a los puntos más altos como el de sierras y volcanes se vuelve más templada.

Valles en el centro y norte del estado están adornados con abundantes especies forrajeras y frutales como limón, palma de coco, mango y papaya. Además de ser habitados principalmente por cenzontles, coyotes, tapacaminos, torcaza y zanate.

La costa del sur alberga la bahía de Manzanillo, sede de uno de los principales puertos de carga del país. La vegetación propia de esta zona se caracteriza por el guamúchil, guayacán, mezquite, chicalite y mangle. Mientras que las especies marinas que viven en sus aguas son principalmente agujón, cornuda, pez dorado, tiburón y la tortuga carey, especie en peligro de extinción. El clima es cálido y subhúmedo, con lluvias en verano. La temperatura media es superior a los 26ºC.

Numerosos ríos surcan su territorio, entre los más importantes están el Río Armería, Salado, Marabasco, Coahuayama, Barranca del Muerto y de Lumbre. Algunas lagunas son la Laguna de Cuyutlán, Laguna Amela y Laguna Alcuzahue.