La presencia de indios chichimecas, tribus nómadas y guerreras que fueron exterminadas durante la conquista española sin dejar rastro alguno, habitaron la zona conocida como la comarca Lagunera en el estado de Durango. En el resto del territorio duranguense aún residen principalmente los tepehuanos, además de huicholes, coras y tarahumaras, los cuales a diferencia de los primeros, constituyen sociedades sedentarias con una sólida estructura familiar.

La Conquista del territorio mexicano a partir del siglo XVI, inició en el sur y centro del país, conforme los españoles sometían a las tribus de esta región y fundaban sus propias villas, fueron avanzando hacia el norte. Una vez que la provincia de la Nueva España estaba funcionando, nuevos expedicionarios se aventuraron a la conquista del resto del territorio mexicano, estableciendo la provincia de la Nueva Vizcaya, en honor a la provincia española del mismo nombre. Las similitudes geográficas entre ambos territorios, así como el origen vizcaíno de muchos de los colonizadores dieron razón para la selección del nombre.

Esta nueva conquista corrió a cargo de Francisco de Ibarra entre los años de 1554 y 1567, quien fundó también la capital bajo el nombre de Villa de Durango, nombre de una de las villas de la española provincia del mismo nombre, en el año de 1563. En las siguientes décadas, de forma paulatina, se fundaron las misiones franciscanas primero, y después jesuitas como Nombre de Dios, Peñón Blanco, San Juan Bautista del Rió, Analco, Indé, Topia, La Sauceda, Cuencamé, el Mezquital, Mapimí, Santiago Papasquiaro, Tepehuanes, Guanaceví, Santa Maria del Oro, Tamazula y Villa Ocampo, entre otras.

Al igual que en el resto de la provincia, los ataques indígenas forzaron a las autoridades españolas a enviar presidios, o grupos militares, a resguardar las nuevas villas y a los colonos que iban en busca de formar nuevos asentamientos.

Con la llegada de la Independencia Mexicana, la provincia comenzó a fraccionarse para dar vida a los actuales estados del norte de México, y en 1827 toma posesión como primer gobernador constitucional del estado de Durango, el liberalista Santiago de Vaca Ortiz.

Los 30 años de dictadura de Porfirio Díaz, trajeron la integración de Durango a la red de ferrocarril y telégrafos que transformaron al país. Después, durante la guerra de revolución, el insurgente duranguense Francisco Villa destacó en su participación por la defensa de los más desamparados y con firmes ideas sobre el reparto agrario; también se le conoce bajo el nombre del Centauro del Norte.