Ciudad que nace como un conjunto de 13 rancherías ganaderas en el año de 1774. Poco después llegan misioneros franciscanos quienes serán los encargados de trazar la nueva ciudad al mas puro estilo colonial español, llamándola Congregación de Nuestra Señora del Refugio.

Con la llegada del nuevo siglo, El Refugio, como ya se le conocía, era una población necesitada de un gobierno formal, por lo que eligen al primer alcalde, don Juan José de Chapa. Quien pronto recibiría órdenes virreinales de abrir el Puerto del Refugio y establecer una Casa de Aduanas.

Al término de la lucha de independencia, los habitantes de la nueva ciudad mexicana decidieron hacer honor al valiente héroe insurgente, Mariano Matamoros, cambiando el nombre de la ciudad y puerto por el de Matamoros, nombre vigente de la localidad desde 1826.

Su estratégica posición geográfica con el país vecino del norte, llamó la atención de los militares mexicanos quienes uno a uno acudieron a la ciudad para fortificarla y prepararle ante un inminente ataque norteamericano. Una vez iniciadas las hostilidades con los vecinos de Texas, Matamoros sirvió de fuerte hasta que en 1846 fue tomada por el ejército norteamericano y no pudo ser liberada sino una vez firmada la cesión de la mitad del territorio nacional en 1848.

A mediados del siglo XIX, texanos y algunos tamaulipecos tomaron las armas en respuesta a la negativa del gobierno mexicano de crear una zona libre de comercio en la frontera. El gobierno de México por su parte, sospechaba que el levantamiento repetiría la historia de la anterior invasión norteamericana y por lo tanto se negó a la petición de los rebeldes. Ante tal negativa, la ciudad de Matamoros se vio forzada a defenderse con las armas en 1851, obteniendo la victoria definitiva. Este hecho marca la pauta para que la ciudad recibiera el título de Heroica Ciudad de Matamoros.

Poco después del destierro del dictador militar Gral. Porfirio Díaz, los mexicanos comenzaron a reconstruir de nuevo el país bajo un modelo republicano y leyes más justas para todos. En Matamoros, el Gral. Lucio Blanco impuso un modelo al seguir al repartir su hacienda entre los jornaleros; evento histórico en el país y gracias a lo cual se le conoce a esta ciudad como Cuna del Agrarismo Mexicano.

La frontera de México con Estados Unidos es tal vez la frontera más grande en tamaño y operaciones de comercio internacional del mundo. Debido a esto, cada ciudad fronteriza mexicana ha experimentado un alto crecimiento en las industrias de comercio y servicio, particularmente en los últimos años. En la frontera de Matamoros existen actualmente 4 puentes fronterizos, lo que le convierte en la ciudad mexicana con mayor número de tales corredores comerciales.

Es así que hoy en día, una moderna infraestructura urbana recibe al visitante, contando con modernos servicios públicos que atienden satisfactoriamente al grueso de la población de la localidad.